選好藕種是獲取蓮藕種植收益的根本保障。具體需要在以下幾個方面多加注意：
　　一、要選擇純正的、具有明顯品種特性的藕種。在這點上，還要有專業的眼光去分辨什 么樣的品種具有什么樣的特性。切莫貪圖便宜而被蠱惑。
　　二、要從正規的良種繁育中心購種，防止個別魚目混珠濫竽充數。目前的高產蓮藕品種，比如，南斯拉夫雪蓮藕（也稱雪蓮藕、雪藕南斯拉夫雪蓮2號）、美國雪蓮3號、泰國花奇蓮等品種由于產量高、品質好、綜合效益突出，而被許多不法分子利用，以假充真、以次充好，嚴重的影響良種的正常推廣。
　　三、引進健康、健壯的藕種，對多年連作繁育的藕種要嚴格把關和篩選。建議選用新池繁育的藕種和采取防病措施的老池繁育的藕種。老池病多，這個不用解釋大家都明白。
　　四、在藕種的大小選擇問題上，我們主張選用具有明顯品種特性的中小型蓮藕做種。南斯拉夫雪蓮藕等品種的個體都比較大，如果選用大的個體，每畝的用種量可能需要1000—1200斤左右，選用中小型個體用量在600—700斤，兩者相比較，選用中小型更為經濟。也有朋友會擔心藕種小會不會影響產量？這個大可不必擔心。我們都知道克隆的微型藕很小，每支僅0.3公斤，但通過田間生長一樣達到正常藕的產量。南斯拉夫雪蓮藕等優良品種還處于推廣階段，藕種的價格很高，因而有些繁育單位已經開始有意識的，以密植繁育降低引種的成本，這點很值得學習。
　　五、選用充分成熟、藕芽較多、須根較為完整、色澤鮮艷、藕皮光滑、藕身健壯、無機械傷和病蟲害、無畸形的藕做藕種。現在有的學者提出的，以每畝的芽頭數來計算栽植數量也很有借鑒的意義。他們認為，中晚熟品種的芽頭數在300-400個比較合適。以整藕做種，每支藕種的重量應在2斤以上，具有3節以上的完整藕身，并且帶有1—2支子藕。
 　　六、藕種要保持新鮮，能隨挖隨栽。在外地引種要帶一定的泥土，并注意途中保持水分。從出池到栽進大田不能超過10天。具體的運輸措施我們會在調種時給予重點說明。